1996年，巴中市面积2562平方千米。辖21镇47乡：巴州镇、清江镇、水宁寺镇、兴文镇、曾口镇、梁永镇、鼎山镇、大罗镇、玉山镇、茶坝镇、观音井镇、花丛镇、柳林镇、下八庙镇、渔溪镇、青木镇、三河场镇、恩阳镇、化成镇、三汇镇、上八庙镇、光辉乡、花溪乡、大和乡、中兴乡、白庙乡、关渡乡、三江乡、金碑乡、店子乡、甘泉乡、白云乡、果敢乡、独柏乡、羊凤乡、关公乡、舞凤乡、双胜乡、群乐乡、万安乡、乐丰乡、来龙乡、镇庙乡、尹家乡、磨子乡、和平场乡、九镇乡、石城乡、兴隆场乡、明扬乡、平梁乡、东兴场乡、福星乡、青山乡、枣林乡、凌云乡、寺岭乡、南阳乡、柳岗乡、梓童庙乡、玉井乡、义兴乡、凤溪乡、龙背乡、双凤乡、三星乡、同乐乡、天官乡。市政府驻巴州镇。
2004年，巴州区辖巴州、清江、曾口、渔溪、恩阳、化成、梁永、鼎山、大罗、玉山、茶坝、花丛、柳林、青木、三汇、兴文、三江、枣林、水宁寺、观音井、下八庙、三河场、上八庙23个镇和石城、光辉、花溪、中兴、白庙、关渡、金碑、店子、甘泉、果敢、羊凤、三星、同乐、天官、凤溪、龙背、关公、来龙、镇庙、尹家、双胜、群乐、万安、大和、福星、青山、凌云、寺岭、南阳、柳岗、玉井、独柏、乐丰、九镇、磨子、双凤、明扬、舞凤、玉堂、奇章、芦山、金山、酒店、司城、金光、石门、义兴、平梁、白云、兴隆场、和平场、梓橦庙、东兴场53个乡。
2005年3月25日，省政府（川府民政[2005]4号）批复：撤销清江、曾口、鼎山、玉山、茶坝、花丛、渔溪、恩阳、平梁、化成、雪山11个片区工委办事处及巴州镇东城、西城、宕梁、江北、城守5个办事处，玉堂、奇章、中兴、白云、甘泉、店子、芦山、果敢、金山、独柏、同乐、天官、双凤、乐丰、镇庙、来龙、磨子、和平场、酒店、司城、明扬、青山、福星、东兴场、金光、柳岗、石门、南阳28个乡镇。将巴州镇所辖的大东等13个社区和西华等10个行政村划出设立4个街道；巴州镇所辖剩余部分行政区域以及原石门、白云和玉堂3个乡；将原奇章、中兴2个乡并入清江镇；将原店子、芦山、甘泉3个乡并入曾口镇；将原独柏乡并入梁永镇；将原果敢乡并入鼎山镇；将原同乐、金山、双凤3个乡并入玉山镇；将原天官乡并入关公乡；将原乐丰乡并入观音井镇；将原镇庙乡并入花丛镇；将原来龙乡并入柳林镇；将原磨子乡并入下八庙镇；将原和平场、酒店2个乡并入渔溪镇；将原明扬、司城2个乡并入恩阳镇；将原青山、福星、东兴场3个乡并入平梁乡；将原金光乡并入化成镇；将南阳乡并入寺岭乡；将原柳岗乡并入梓橦庙乡。
2010年，全区辖4个街道、23个镇、25个乡：东城街道、西城街道、回风街道、江北街道、巴州镇、清江镇、兴文镇、水宁寺镇、恩阳镇、曾口镇、梁永镇、渔溪镇、三河场镇、青木镇、鼎山镇、大罗镇、玉山镇、茶坝镇、观音井镇、花丛镇、柳林镇、下八庙镇、化成镇、三汇镇、上八庙镇、三江镇、枣林镇、光辉乡、花溪乡、大和乡、白庙乡、关渡乡、金碑乡、羊凤乡、凤溪乡、龙背乡、三星乡、关公乡、舞凤乡、双胜乡、群乐乡、万安乡、尹家乡、九镇乡、兴隆场乡、石城乡、平梁乡、凌云乡、寺岭乡、梓橦庙乡、玉井乡、义兴乡。区政府驻巴州镇。
2011年，经四川省政府同意，巴中市巴中区部分行政区划调整：1、将江北街道的红岩河、后河2个社区和杨坝、中坝、插旗山3个村，巴州镇的塔子山、东华、摇铃、尖山寺、排垭、凉水井、碾盘寺、清莲、洪山9个村所属行政区域划归东城街道管辖。2、将回风街道的佛阳、南坝2个社区和西龛村，巴州镇的柏杨庙、擂鼓、大连3个村所属行政区域划归西城街道管辖。3、将平梁乡的新华、陇桥2个社区和八王、玉皇庙、仙人洞3个村所属行政区域划归回风街道管辖。4、将巴州镇的新桥、登高2个社区和岳家坡、青滩坡、风头山、牛鼻山、先锋寨、黄家坝、檬子河、铜堡、李家碥、苏山、三包、玉堂、侯家沟、管家沟、西溪沟、桥炉、长角梁、范家沟18个村所属行政区域划归江北街道管辖。5、将巴州镇更名为大茅坪镇。原巴州镇幅员面积141平方千米，辖40个村（社区）；调整后，大茅坪镇辖明星社区和白云、大茅坪、红垭、土地垭、得阳、孟家、南垭庙7个行政村，镇政府驻大茅坪村。巴城面积也将由过去30平方千米，扩展至100余平方千米。2013年，将巴州区的恩阳、玉山、茶坝、观音井、花丛、柳林、下八庙、渔溪、青木、三河场、三汇、上八庙12个镇，石城、兴隆场、关公、三星、舞凤、双胜、群乐、万安、尹家、九镇、玉井、义兴12个乡划归新设立的恩阳区管辖。2013年末，全区辖6个街道、11个镇、13个乡：东城街道、西城街道、回风街道、宕梁街道、玉堂街道、江北街道、大茅坪镇、清江镇、兴文镇、水宁寺镇、曾口镇、梁永镇、鼎山镇、大罗镇、化成镇、三江镇、枣林镇、光辉乡、花溪乡、大和乡、白庙乡、关渡乡、金碑乡、羊凤乡、凤溪乡、龙背乡、平梁乡、凌云乡、寺岭乡、梓橦庙乡。
2014年，省政府（川府民政[2014]10号）批复同意撤销兴文镇，设立兴文街道，街道办事处驻通州大道9号；省政府（川府民政[2014]23号）批复同意将清江镇、化成镇、宕梁街道和玉堂街道部分村组划归兴文街道办事处管辖；巴中市政府（巴府函[2014]149号）批复同意设立奇章街道、时新街道。
2015年，省政府批复同意平梁乡、寺岭乡、光辉乡、梓橦庙乡、凤溪乡撤乡设镇。